可是即使經(jīng)過這樣的分析過程，仍然可能出現(xiàn)錯誤判斷的情況。不同工廠所用到的原材料種類繁多，實驗室不可能針對每種材料采用不同的分離條件去分析，而且由于質(zhì)譜級別色譜柱型號數(shù)量的限制，通常情況下實驗室多采用同一根色譜柱進行分離，這樣不可避免地會對某些物質(zhì)分離不完全或不能分離，從而造成譜圖解析的錯誤。譬如在HP-5ms色譜柱上，對二甲苯和間二甲苯的保留時間完全相同，即使有質(zhì)譜做工具也無法辨認。而對于受到干擾不能完全分離的物質(zhì)，必然會造成匹配度的降低，容易造成誤判。