（1）加強分類管理，嚴防污染擴散
接收患者或疑似患者診療的定點醫(yī)療機構（醫(yī)院、衛(wèi)生院等）以及相關單位產生的污水應加強殺菌消毒。對于已建設污水處理設施的，應強化工藝控制和運行管理，采取有效措施，確保達標排放；傳染病房污水應在預消毒后采用二級處理+深度處理+消毒工藝。對于未建設污水處理設施的，應參照《醫(yī)院污水處理技術指南》《醫(yī)院污水處理工程技術規(guī)范》等，禁止污水直接排放或處理未達標排放。不得將固體傳染性廢物、各種化學廢液棄置和傾倒排入下水道。
（2）強化消毒滅菌，控制病毒擴散
對于產生的污水最有效的消毒方法是投加消毒劑。目前消毒劑主要以強氧化劑為主，這些消毒劑的來源主要可分為兩類。一類是化學藥劑，另一類是產生消毒劑的設備。應根據不同情形選擇適用的消毒劑種類和消毒方式，保證達到消毒效果。
（3）采用MBR膜凈化水質
醫(yī)療污水經生化反應處理后，被泵輸送至MBR膜系統(tǒng)，并與活性污泥進行充分的接觸。污水中的有機物被微生物降解，而其它不能被降解的雜質則被MBR系統(tǒng)中的膜組件分離。MBR中膜通過不超過自身壓力的反滲透裝置，可以進一步凈化水質，由于細菌分子大多數都比水分子大，所以水分子能順利通過膜，而把細菌阻擋在外邊，這樣也就間接把細菌病毒和水達到一個分離狀態(tài)。